Avec l’épuisement de l’argent de la NBA et des fonds fédéraux, le chercheur de Yale s’inquiète de l’avenir du séquençage COVID en CT

Lorsqu’il a commencé à séquencer des échantillons de coronavirus au début de la pandémie, Nathan Grubaugh de la Yale School of Public Health a dû se tourner vers des sources de financement non conventionnelles.

Maintenant, une grande partie de cet argent, ainsi que des fonds provenant d’autres sources traditionnelles, s’épuisent, et Grubaugh s’inquiète de ce que cela signifie pour l’avenir du séquençage COVID dans le Connecticut.

Le laboratoire de Yale de Grubaugh a effectué une grande partie du séquençage de l’ADN des échantillons de coronavirus dans l’État. Parfois, surtout au début, il a déclaré que son laboratoire effectuait les trois quarts du travail de l’État.

Lorsque Omicron et Delta sont apparus, ce sont des laboratoires comme celui de Grubaugh qui ont alerté les responsables lorsque ces variantes ont été identifiées dans le Connecticut. Une grande partie de l’argent pour ce travail provenait de l’État à partir de sources fédérales.

Au 1er avril, le Connecticut avait séquencé 38 430 échantillons de coronavirus provenant d’un total de cinq laboratoires : Yale, The Broad Institute, les Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis (en utilisant des échantillons de sites commerciaux tels que Quest), Jackson Laboratories et le Département d’État. pour la santé publique.

«En avril 2021, Yale a séquencé 48% des cas et CDC (tat) 30%. En août 2021, Yale a séquencé 43% des cas, tandis que le CDC en a séquencé 37%”, a déclaré Grubaugh. «Le CDC nous a dépassés pendant omicron parce que l’État nous obligeait à moins séquencer parce que le financement était serré. Je suis donc très reconnaissant que le CDC ait pu reprendre ses efforts. »

Mais au tout début, lorsque le travail de séquençage de l’ADN des échantillons de coronavirus a commencé, le système de santé publique existant n’était pas disposé à fournir l’argent nécessaire pour embaucher et former le personnel nécessaire, a-t-il déclaré.

“Le financement global du COVID dans ce pays n’a pas nécessairement été très opportun”, a déclaré Grubaugh. “De nombreuses premières parties de la pandémie ont été financées à l’aide de méthodes non conventionnelles.”

Le séquençage du génome était nécessaire avant que l’État n’ait accès à l’argent fédéral, “bien avant que l’État n’ait de l’argent pour le soutenir”, alors Grubaugh a eu recours à “d’étranges moyens d’obtenir de l’argent”.

Un programme appelé Fast Grants a fourni l’essentiel de son financement, tout comme le travail contractuel que Grubaugh et son laboratoire ont fait pour la National Basketball Association.

“Mon autre sponsor majeur était la NBA. J’ai beaucoup travaillé pour eux”, a déclaré Grubaugh. “Nous avons essentiellement utilisé une grande partie de l’argent que nous avons obtenu de la NBA.”

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Depuis lors, l’argent fédéral circulant dans l’État a soutenu le travail de Grubaugh identifiant les variantes du COVID. Cet argent ne circule plus.

« Les nouveaux fonds s’épuisent rapidement. Je ne sais pas vers qui me tourner”, a-t-il déclaré. « Je ne peux faire que ce pour quoi j’ai de l’argent. Même ces méthodes non conventionnelles se tarissent.

Les subventions rapides ont disparu, a déclaré Grubaugh, et le financement fédéral pour ce type de travail est pratiquement inexistant.

“Ce fut la partie la plus difficile de ma fin pendant la pandémie”, a déclaré Grubaugh. “J’ai écrit plusieurs subventions du NIH (National Institutes for Health) qui n’ont pas été financées, certaines d’entre elles pour ce travail même.”

« Où vais-je maintenant ? Je pourrais écrire une autre subvention du NIH et en entendre parler dans six mois”, a-t-il déclaré. La principale pré-pandémie de Grubaug était les maladies transmises par les moustiques.

Grubaugh a déclaré que la question est de savoir s’il reviendra à ce travail bien qu’il l’ait suspendu au cours des deux dernières années, “ou poussons-nous plus loin sur ce que nous pensons toujours être très important?”

Grubaugh a déclaré que Yale continuerait à financer son travail en interne pour le moment. “Nous allons le financer nous-mêmes pendant un certain temps, au moins jusqu’à fin juin”, a-t-il déclaré.

Séquençage en cours

Tout cela ne signifie pas que le séquençage de l’ADN des échantillons de COVID sera complètement arrêté.

“Le séquençage du génome entier est un outil important de surveillance de la santé publique, et le département de la santé publique du Connecticut a engagé des millions de dollars dans ce travail”, a déclaré le porte-parole du DPH, Chris Boyle.

“DPH effectue le séquençage du génome entier à la fois par le laboratoire d’État et par le biais de contrats en cours avec quatre laboratoires”, a déclaré Boyle. “Et DPH continuera à maintenir la capacité de séquençage du génome entier par le laboratoire d’État.”

Mais Grubaugh a déclaré que le laboratoire d’État avait séquencé environ 1% du total depuis le début des efforts dans la pandémie.

“Ce qu’ils faisaient au laboratoire d’État était assez minime”, a-t-il déclaré. “L’État a envoyé des échantillons à mon laboratoire pour le séquençage pendant longtemps.”

Grubaugh ne tient en aucun cas l’État responsable de la perte de financement. Il a déclaré que les responsables de l’État ont été “d’excellents partenaires”.

“S’ils pouvaient financer mon laboratoire pour le reste de ma vie, je n’en doute pas”, a-t-il déclaré. «Je ne blâme pas non plus le CDC ici. Ce qui compte vraiment, c’est le Congrès et le ministère de la Santé et des Services sociaux, qui supervise le NIH et le CDC.

Le CDC a accordé aux États et aux villes du pays 185 millions de dollars pour le séquençage du génome dans le cadre du programme des centres d’excellence en génomique des pathogènes de santé publique, mais ces demandes sont attendues en mai.

Le CDC a augmenté sa propre surveillance génomique en utilisant des échantillons de laboratoires commerciaux, mais Grubaugh a déclaré que certaines données importantes seront perdues lorsque le travail s’éloignera des laboratoires locaux.

« Ce que nous n’avons pas de ces données, ce sont des informations cliniques. Nous ne connaissons pas l’historique des vaccins et nous ne connaissons pas le niveau de la sous-population”, a-t-il déclaré.

Les données peuvent montrer que “cela vient du Connecticut, mais nous ne savons pas d’où”.

“Mon inquiétude est qu’en fermant, nous manquons vraiment ces estimations importantes”, a-t-il déclaré.

Grubaugh n’est pas réellement un responsable de la santé publique. Il dirige un laboratoire universitaire qui est intervenu pour effectuer un travail essentiel face à une situation inédite.

“A long terme, mon groupe ne devrait pas faire ça. Nous l’avons fait parce que c’est une circonstance exceptionnelle”, a-t-il déclaré. “La surveillance doit changer pour être plus pleinement effectuée par les laboratoires de santé publique.”

Mais il ne pense pas non plus que ce soit le bon moment pour faire le changement, ou que le système existant puisse réagir avec la rapidité requise dans une pandémie mondiale en cours. «Là où ils sont constamment limités, c’est dans le système. Tout ce qui concerne le système fédéral prend trop de temps », a-t-il déclaré.

“C’est juste un changement très brusque”, a-t-il ajouté. « Sommes-nous vraiment au point où les clés peuvent être entièrement remises ? Je ne pense pas.”

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